La villa de Santa Cruz de Juarros fue cabeza del alfoz del mismo nombre desde el primer momento de su historia. Aunque la primera mención a Santa Cruz de Juarros data del año 1032, el pueblo existía desde casi 150 años antes. La vida actual de todos los lugares de la Sierra de Burgos, incluida la comarca de Juarros donde se enmarca esta villa, se configura en el siglo X tal y como ha llegado hasta nosotros.
Debido a la falta de datos, no encontramos referencias a Santa Cruz anteriores a la Reconquista. Sí es de mención la agregación de la comarca de Juarros a la merindad de Castrogeriz, y no a la de Burgos, como habría cabido esperar. De esta forma, los alfoces o partidos de Santa Cruz y el de los Ausines han dependido de Castrogeriz hasta el siglo XIX.
Santa Cruz era la fortaleza del alfoz, y en su castillo, hoy desaparecido, residía el “tenente”, un jefe con atribuciones políticas, militares, de justicia y de hacienda. Su extensión no era grande y abarcaba lo que hoy es el ayuntamiento de Ibeas de Juarros, excepto San Adrián de Juarros.
En él existían otros once lugares que han desaparecido con el tiempo, como Casares, Molintejado, Olea, San Vicente y otros. Dentro del término de Santa Cruz contaba la villa con tres barrios, de los que subsisten Cabañas y Matalindo y ha desaparecido Celada, situada al suroeste de la villa.
La abadía cisterciense de Bujedo de Juarros, aunque con fuero propio estuvo en el mismo término. Cuando llegaron los monjes cistercienses, a finales del siglo XVI, habitaba allí una corta población dependiente de la abadía benedictina de San Pedro de Arlanza.
La villa mantuvo su independencia administrativa, a pesar de la vecindad de la Real Abadía Cisterciense, y también del Monasterio de San Cristóbal de Ibeas que, en el Libro de las Behetrías de Castilla, aparece como dueño de dos solares. Igualmente se defendió la villa del poderío de la familia Velasco, luego condestables de Castilla que, según cita el mismo documento, son poseedores de cinco solares.También hizo acto de presencia en la historia de Santa Cruz de Juarros el Monasterio de Las Huelgas de Burgos.
En aquellos momentos las obligaciones de los vecinos de Santa Cruz no eran muy fuertes, a saber: “pagaban al rey servicios y monedas y a los señores de solares tres maravedises al año y un yantar si visitaban la villa”. En tiempos de Alfonso XI les impusieron los pagos de martiniega y fonsadera, este evidentemente injusto, pues tenían que mantener el castillo de su propio alfoz.
En el año 1591 el partido de Juarros y de la Mata contaba con 870 vecinos; en el año 1843, Santa Cruz sumaba 336 habitantes y funcionaban en la villa sendas escuelas para niños y niñas. El punto más alto de población se alcanzó en el año 1950 con 622 habitantes. Las fiestas de celebraban por San Martín y en el término se alzaban tres ermitas dedicadas a Nuestra Señora de Las Mercedes, San Pedro y San Blas.
En sus cauces de agua había instalados siete molinos. Pero en la economía medieval y en parte de la moderna, Santa Cruz de Juarros tuvo su principal riqueza en la ganadería ovina. La oveja merina pastaba en sus montes durante los veranos, en la villa había esquileo y lavaderos de lanas que proporcionaban salarios a mujeres, e incluso, a los niños. El diezmo de la lana lo percibía en temporadas el cabildo de la Catedral de Burgos y suponía un renglón importante para la Institución.